山东鲁能泰山在2006年成为联赛和足协杯的双冠王，作为当年中超的亚军，上海申花得以到场2007年的。在展开赛事的争夺之前，俱乐部履历一番不小的变更。

2007年2月8日，上海滩的两支中超俱乐部宣布合并。联城被注销，球队名称仍然是申花。新老板朱骏号称注资1.5亿，成为最大股东。在44人的球员名单当中，既有杜威、李玮峰、肖战波、郜林、毛剑卿等等申花的主力，也有张效瑞、王大雷、姜坤等等联城的旧部，还包罗布兰科、阿隆索和科雷亚三名乌拉圭外援。

原联城的主帅乌拉圭人吉梅内斯接手球队，原申花教练组的成员大部门脱离，包罗主教练吴金贵。2007年4月1日，上海申花在中超第4轮主场3：1战胜武汉光谷，球迷抗议俱乐部的合并带着一套庞大阵容，以及种种潜在矛盾，新的上海申花开始踏上那一年的亚冠征程。他们被分到东亚区的E组，三个对手除去日本的浦和红钻与印尼的谏义里佩尔西克之外，还包罗刚刚加入亚足联的澳大利亚球队悉尼FC。

2007年3月7日，上海申花在小组赛第一轮主场迎战这支亚冠新军。本以为能够取得开门红，没想到被客队迎头棒喝。

科里卡和塔雷在第8分钟和第25分钟便连入两球，主队由谢晖在第78分钟扳回一城，上海申花1：2负于悉尼。科里卡（左）庆祝攻破上海申花球门首战失利让上海申花的出线前景变得昏暗，更大的意外还在后边。

第二轮客场作战，对手是同组相对较弱的谏义里佩尔西克。他们在第一轮被浦和红钻三球完胜，上海申花固然想在这支印尼球队身上有所斩获。但九十分钟竣事，却是谏义里佩尔西克取得1：0的胜仗。同轮次的另一场较量，悉尼在主场与浦和红钻2：2握手言和。

就在外界对澳大利亚球队的体现另眼相看之时，他们却在第三轮客场负于谏义里普尔西克，资助上海申花没有提前出局。客场负于谏义里佩尔西克，上海申花球员黯然退场2007年4月11日，上海申花做客琦玉球场。由于所谓的内部整风，杜威被下放预备队。

吉梅内斯煞费苦心的摆设李玮峰、常琳和董阳组成三中卫，仍然在浦和红钻的进攻眼前毛病百出。在前9分钟，主队就获得三次射门的时机。第45分钟，阿部勇树打破僵局，资助浦和红钻取得领先。虽然在后面的时间没有再泛起丢球，但在对方的围攻眼前，上海申花只有可怜的3次射门，只是0：1告负已经算极大的幸运。

浦和红钻球员庆祝主场战胜上海申花在三连败之后，上海申花险些重现2004年亚冠小组赛的绝地还击。2007年4月25日，可能认为球队能够轻松取胜，竟然有三千日本球迷陪同浦和红钻做客源深体育场。就连主教练吉梅内斯都在赛前表现，接下来会主抓联赛，亚冠只能努力而为，首发阵容也派出刘志青和沈龙元两位不经常亮相的球员。

可是直到角逐竣事，日本球队也未能攻破申花球门。反而在第75分钟，山田畅久因为拖延时间吃到第二张黄牌被罚进场，两队最终互交白卷。

前排左起：肖战波、谢晖、沈龙元、常琳、刘志青、科雷亚；后排左起：郑科伟、王大雷、董阳、杜威、姜坤受到逼平浦和红钻的鼓舞，上海申花在第五轮同样拿到分数。2007年5月9日，他们在客场0：0再平悉尼。2007年5月23日，上海申花回到主场迎战谏义里佩尔西克。

对手在第四轮客场0：3负于悉尼，第五轮在主场3：3与浦和红战成平局，仍然有理论上的出线可能。再加上首回合客场落败，外界对上海申花能否打好这场已经无关痛痒的角逐普遍持怀疑态度。没想到谢晖和郜林在前25分钟便划分进球，两名替补上场的外援阿隆索上演帽子戏法，布兰科锦上添花，资助球队6：0血洗谏义里佩尔西克。

郜林在第54分钟被阿隆索换下，并到场两队在第60分钟的冲突，主裁向其和对方的一名球员亮出红牌前三轮一分未得，后三轮保持不败，上海申花再次让球迷发出“早干嘛”的感伤。幸亏联赛的体现没有泛起2004年那样大的滑坡，最终排名2007年中超的第四名。其实那一年的上海申花也并不是一无所获，在6月份的济南首次夺得A3联赛冠军。包罗3：1击败浦和红钻，也算对出局的复仇。

不外吉梅内斯没能保住自己的帅位，在10月份被吴金贵取代。上海申花队长肖战波举起A3联赛冠军奖杯，他的左手边是年轻的王大雷，前排右二是吉梅内斯在2007年E组的积分榜上，浦和红钻取得两胜四平，以头名出线。悉尼差一分位列第二，谏义里佩尔西克排名第三，上海申花垫底。

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